Introduktion
Projektet leds av professor Zeynep Cetecioglu Gurol med hjälp av Mariel Perez-Zabaleta and Isaac Owusu-Agyeman verksamna vid Kungliga Tekniska högskolan (KTH). Bioinformatikanalyser av avloppsvattendata sker i samarbete med professor Luisa Hugerth (Uppsala Universitet). Forskarsamarbetet utgör SEEC-KTH. SEEC-KTH är nu en del av Institutionen för Industriell bioteknologi vid KTH. Projektet finansieras nu som en del av SciLifeLab Pandemic Laboratory Preparedness (PLP) program. Mer information om PLP-programmet finns i resources section.
Data och visualiseringar på den här sidan uppdateras vanligtvis veckovis, oftast på fredagar. Data bakom dashboarden uppdateras kontinuerligt.
Insamlingsplatser för avloppsvatten
Analysen av avloppsvattenprov från Stockholm av SEEC-KTH görs i nära samarbete med Stockholm Vatten och Avfall och Käppalaförbundet. SEEC-KTH började ta prover på avloppsvatten i mitten av april 2020, och prover samlades då in från avloppsreningsverken i Bromma, Henriksdal och Käppala. Dessa anläggningar tar emot avloppsvatten från en befolkning på cirka 360 000, 860 000 respektive 500 000 personer. Se den här kartan för det exakta avrinningsområdet för insamlingskanalerna i Käppala och den här kartan för det exakta avrinningsområdet för insamlingskanalerna i Bromma och Henriksdal.
SEEC-KTH började samla in prover från avloppsvatten från Sjölunda avloppsreningsverk i Malmö under vecka 39 2021. Detta avloppsreningsverk hanterar större delen av Malmö och Burlövs kommun och delar av kommunerna Lomma, Staffanstorp och Svedala. Ungefär 300 000 personer bor i uppsamlingsområdet. Mer information om området, inklusive en karta, kan laddas ned direkt.
SEEC-KTH avloppsvattensanalyser täcker ungefär 20% av Sveriges befolkning.
Visualiseringar
Vänligen observera att visualiseringarna nedan endast visar data från de senaste 16 veckorna som default. För att se alla tillgängliga data vänligen klicka på knappen ‘Whole timeline’ för att se hela tidslinjen från 2020.
Notera också att även om samma metoder används för alla städer som visas på den här fliken, kan skillnader i befolkningen och hur avloppsvatten samlas in i olika städer påverka jämförelser dem emellan.
Stockholm
Källskod som används för att skapa grafen: Källskod.
Malmö
Källskod som används för att skapa grafen: Källskod.
Kommentarer från forskargruppen
Kommentar:
Dataset
Kontakt: zeynepcg@kth.se
Ladda ner data: N3-genkopiatal per PMMoV-genkopiatal; Excelfil.. Data tillgänglig (delvis) från och med vecka 16 2020; uppdateras varje vecka.
Hur man citerar dataset: Cetecioglu, Z. G., Williams, C., Khatami, K., Atasoy, M., Nandy, P., Jafferali, M. H., Birgersson, M. (2021). SARS-CoV-2 Wastewater Data from Stockholm, Sweden. https://doi.org/10.17044/scilifelab.14315483.
Metoder
För att korrigera för variation i population och avloppsvattenflöde kvantifierar gruppen förekomsten av viruset Pepper mild mottle virus (PMMoV), ett växtvirus från peppar som människor får i sig via maten, med hjälp av en modifierad version av testet i Zhang et al. (2006). PMMoV är det vanligaste RNA-viruset i avföring från människa och används för att uppskatta mängden avföring från människa i avloppsvattenproverna (Symonds et al., 2019). För att kvantifiera mängd SARS-CoV-2 används SARS-specifika N3-primers (Lu et al., 2020) och mätningen görs med metoden RT-qPCR med SYBR Green-kemi (Perez-Zabaleta et al., 2023).
Efter koncentration, filtrering och beredning analyseras proverna med RT-qPCR -teknik för att kvantifiera förekomsten av SARS-CoV-2 RNA. För att kvantifiera SARS-CoV-2 användes primers i nukleokapsid-(N)-genen (tidigare använt och verifierat av Medema et al. (2020)). I vissa fall har det obehandlade avloppsvattnet frusits vid –20 °C och koncentrerat avloppsvatten eller renat RNA har lagrats vid -80°C innan nästa analyssteg genomfördes. Koncentrationsmetoden som initialt användes av SEEC-KTH baseras på en av deras tidigare studier (Jafferali et al., 2021), där fyra olika koncentrationsmetoder jämfördes. Denna metod användes fram till vecka 35, 2021. Efter denna tidpunkt började gruppen istället använda Promegas kit för att koncentrera proverna.
Arkiverade data
Relaterade datasets
- Genomiska SARS-CoV-2 analyser från avloppsvatten data (tillgängligt på European Nucleotide Archive (ENA) under projektnummer PRJEB60156): forskargruppen från KTH har analyserat avloppsvattenprover från Stockholm och Malmö (2021-2022).