Introduktion
Denna webbsida visar virusdata relaterade till SARS-CoV-2 i Göteborg, Sverige. Data har insamlats av Professor Helene Norders forskargrupp vid Göteborgs universitet, i samarbete med andra medarbetare från Göteborgs universitet och Sahlgrenska universitetssjukhuset (Hao Wang, Marianela Patzi Churqui, Timur Tunovic, Fredy Saguti och Kristina Nyström) och Lucica Enache, Ryaverket, Gryaab AB, Göteborg.
Gruppen började samla in prover den 10 februari (vecka 7) 2020. De uppdaterade metoderna relaterade till att analysera SARS-CoV-2 proverna under 2023 och började använda denna uppdaterade metod den 15 maj (vecka 20) 2023. Den här sidan berör endast data som samlats in med deras uppdaterade metod. Data och visualisering på denna webbsida uppdateras oftast en gång per vecka.
Alla forskningsdata som använder den gamla metoden finns tillgängliga här ‘Historisk mängd SARS-COV-2 i avloppsvatten (GU)’.
Studierna av SARS-CoV-2 i avloppsvatten har inom Nordergruppen skett parallellt med arbetet att studera enteriska virus i avloppsvatten, dessa data delas också på portalen.
Insamlingsplatser för avloppsvatten
Ingående avloppsvattenprover insamlas från Ryaverkets avloppsreningsverk (eng. wastewater treatment plant WWTP) i Göteborg. Insamling av avloppsvattenprov startade 10 februari 2020 (vecka 7). Ryaverkets avloppsreningsverk samlar in avloppsvatten från mer än 790,000 invånare samt även från närliggande industrier. Avloppsvatten samlas även in från invånare och industrier inom närliggande områden som exempelvis Ale, Härryda, Kungälv, Lerum, Mölndal och Partille, samt från smältvatten från äldre delar av Göteborg. Mängd avloppsvatten från hushåll ligger på samma nivå över året, men den totala mängden avloppsvatten kan variera över året beroende på väderlek (högre luftfuktighet ger större mängd avloppsvatten). För mer information om uppsamling av avloppsvatten, veckor, volym avloppsvatten och flöde se Wang et al. (2022).
Visualiseringar
Källskod som används för att skapa grafen: Källskod.
Kommentarer från forskargruppen
Commentary:
Dataset
Nedladdning av data: Quantification of SARS-CoV-2 and enteric viruses in wastewater. Resultat finns tillgängliga för SARS-CoV-2 och för enteriska virus från vecka 20 2023. Data uppdateras veckovis.
Kontakt: helene.norder@gu.se
För att citera datasetet: Norder, H., Nyström, K. Patzi Churqui, M., Tunovic, T., Wang, H., Saguti, F. (2023). Detection of SARS-CoV-2 and other human enteric viruses in wastewater from Gothenburg. https://doi.org/10.17044/scilifelab.24787353.v1.
För att citera metoden som används: Saguti, F., Magnil, E., Enache, L., Churqui, M.P., Johansson, A., Lumley, D., Davidsson, F., Dotevall, L., Mattsson, A., Trybala, E., Lagging, M., Lindh, M., Gisslen, M., Brezicka, T., Nystrom, K. and Norder, H. (2021). Surveillance of wastewater revealed peaks of SARS-CoV-2 preceding those of hospitalized patients with COVID-19. https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116620.
Wang, H., Churqui, M.P., Tunovic, T., Enache, L., Johansson, A., Karmander, A., Nilsson, S., Lagging, M., Andersson, M., Dotevall, L., Brezicka, T., Nystrom, K. and Norder, H. (2022). The amount of SARS-CoV-2 RNA in wastewater relates to the development of the pandemic and its burden on the health system. https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105000.
Metoder
Insamling av avloppsvatten sker genom en fast insamlare som samlar in 30ml avloppsvatten per 10,000m3 av inkommande avloppsvatten. För analys veckovis poolas sju prover (varje avloppsvattenprov representerar insamling under ett dygn). Veckoprovet består av 1.5-15l avloppsvatten (beroende av flödet) som skickas till Klinisk Mikrobiologi vid Sahlgrenska Universitetssjukhuset för analys. Analys sker på måndagen i veckan efter provinsamling.
På Klinisk Mikrobiologi på Sahlgrenska Universitetssjukhuset används två metoder utvecklade inom gruppen för att koncentrera virusmängderna. Den metod som nu används använder sig av ultrafiltrering som primär metod. Den tidigare metoden använde ett elektropositivt filter (Argonide, Florida, USA) för att koncentrera proverna (Saguti et al., 2021). Båda metoderna användes parallellt mellan vecka 20 och vecka 42 2023. All information som relateras till data insamlat med den tidigare används metoden finns på webbsidan för ‘Historiska data för SARS-COV-2 i avloppsvatten’.
Nukleinsyror extraheras från ett koncentrerat prov på 1 ml med hjälp av QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (Qiagen, Hilden, Germany). Realtids-PCR (RT-qPCR) användes för att detektera den RNA-beroende RNA polymerase (RdRP) regionen på SARS-CoV-2. Alla körningar innehöll en positiv kontroll bestående av en seriellt utspädd plasmid (Eurofins Genomics, Ebersberg, Germany). Nukleasfritt vatten används som negativ kontroll. Ct-värden från qPCR användes för att kvantifiera mängd SARS-CoV-2 genom i provet. En detaljerad beskrivning av hur mängd SARS-CoV-2 beräknas finns i Hellmér et al. (2014), Saguti et al. (2021), Wang et al. (2022), och Wang et al. (2023). I den tidigare använda metoden, som används tom vecka 42 223, beräknades den relativa virusmängden i avloppsvatten genom att dela mängd viralt genom i prover med mängd SARS-CoV-2 genom i ingående mängd avloppsvatten som detekterades i vecka 11 (mitten av mars) 2020. Prover från alla följande veckor har innehållit detekterbara mängder SARS-CoV-2 virus (se webbsidan för Historiska data för SARS-COV-2 i avloppsvatten). Med den nya metoden, som används för de data som visas på denna webbsida, visas istället mängd virusgenom som ett genomsnitt baserat på en veckas insamlad mängd avloppsvatten.